В раннеземледельческий период население Мексики заметно увеличилось и происходило интенсивное заселение аллювиальных речных долин. Ранние земледельцы жили общинами по 100— 300 человек. Их жилища, поначалу круглые и овальные, а затем прямоугольные, строились из обмазанной плетенки на искусственных глинобитных возвышениях, защищавших постройки от паводков. В центре поселков располагались церемониальные площадки. Покойников хоронили под полами домов. Поначалу сколько-нибудь ощутимой социальной дифференциации не было. Ее первые симптомы — крупные поселки (более 10 га) и монументальное строительство, длинные обменные цепи, по которым циркулировали престижные ценности (изделия из обсидиана и нефрита), сложный дифференцированный погребальный обряд — появились во второй половине II тысячелетия до н. э. Интересно, что в ряде районов в это время наиболее богатый погребальный инвентарь сопровождал именно женские могилы.
В период становления земледелия вплоть до его окончательной победы основное население Мексики принадлежало к трем крупным лингвистическим семьям: отомангской (горы южной и центральной Мексики к северо-западу от перешейка Теуантепек), майя (горы Чьяпаса и Гватемалы) и михе-соке (перешеек Теуантепек вплоть до прибрежных районов Тихого океана и Мексиканского залива). Лишь в самых северных районах могли обитать какие-то юто-ацтекские группы. С ростом народонаселения, вызванным повышением эффективности хозяйства, единые прежде лингвистические общности начали дробиться и распадаться. Ранее всего, очевидно в V тысячелетии до н. э., этот процесс охватил отомангскую общность, распавшуюся на девять ветвей, которые, правда, еще долго (вплоть до середины II тысячелетия до н. э.) находились в тесных контактах друг с другом. Позднее произошел распад общностей майя (конец III тысячелетия до н. э.) и михе-соке (середина II тысячелетия до н. э.). Все это привело к расселению носителей соответствующих языков за пределы первичных ареалов: в частности, отдельные группы майя начали спускаться с гор на низменности. К сожалению, до сих пор остается неясным вопрос об этнической принадлежности ольмеков, создавших одну из древнейших высоких культур Мезоамерики. Некоторые авторы (М. Ко, Ю. В. Кнорозов), связывают их с майя, другие (Дж. Лоу, Л. Кэмпбелл, Т. Кауфман) — с михе-соке.