После «умиротворения» этого региона американские власти приступили к покорению юго-запада, населенного племенами апа-чей, команчей, пима, юте и др. 1880-е годы прошли в непрерывных войнах с апачами, которых возглавляли Кочиз, Витторио, Херони-мо, и юте, объединившимися вокруг вождя Оурая-Стрелы. Особенно длительное сопротивление войскам Соединенных Штатов оказал Херонимо. Уйдя со своим племенем в 1877 г. в горы Сьерра-Мадре на территории Мексики, он построил там укрепленный лагерь и почти 10 лет, до сентября 1886 г., наносил удары по американской армии. Лишь после того, как его боевые силы сократились до сотни человек, Херонимо сдался на условиях поселения в резервации. Так, к концу 80-х годов в основном завершились войны с индейцами. Последние представители свободных племен — остатки ранее многочисленного народа хункапу и родственных им миненконноу — были зверски перебиты 29 декабря 1890 г. у поселка Вундед-Ни (Южная Дакота) в тот момент, когда их вожди, осознав невозможность дальнейшего сопротивления, решили поселиться в резервацию. После этого избиения, жертвами которого стали 300 индейцев, министерство внутренних дел США официально объявило о ликвидации индейской границы. Все племена были расселены по 160 резервациям площадью около 120 млн. акров (48 млн. га).
Создание резерваций стало, однако, лишь начальным шагом на пути приобщения коренного населения к «благам» американской цивилизации. Завершив индейские войны, федеральное правительство приступило к ликвидации остатков независимости своих подопечных путем уничтожения традиционной формы их социальной организации — племени. С целью поставить этот институт под контроль административных органов конгресс в 1885 г. принял закон, по которому отменялся один из важнейших компонентов племенной автономии — отправление правосудия на территории резервации.